1998年划归内蒙古自治区管理,实行中央与地方共建、以地方管理为主的运行机制。2000年内蒙古煤炭工业学校并入;2003年更名为内蒙古科技大学;2008年以优秀等次通过教育部本科教学工作水平评估;2013年成为博士学位授予单位;2017年被教育部批准成为新增硕士研究生推免资格高校。
60多年来,内蒙古科技大学立足冶金、煤炭两大行业,面向地方经济社会发展需要,不断优化学科布局,提高人才培养层次,现已成为以冶金、矿业、煤炭、稀土为特色,以工为主,工、理、文、管、经、法、艺术、教育等学科协调发展,集研究生教育、本科教育、高职教育、继续教育、留学生教育为一体的多科性大学。

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